Urmărirea variantelor de virus în SUA s-a îmbunătățit după pornire lent

După un început lent, Statele Unite și-au îmbunătățit sistemul de supraveghere pentru a urmări noi variante de coronavirus, cum ar fi Omicron, sporindu-și capacitatea cu zeci de mii de mostre pe săptămână de la începutul acestui an.

Virușii sunt în continuă evoluție. Pentru a găsi și urmări noile versiuni ale coronavirusului, oamenii de știință analizează structura genetică a unei părți din probele care au fost testate pozitiv.

Ei caută literele chimice ale codului genetic al virusului pentru a găsi noi variante îngrijorătoare, cum ar fi omicron, și pentru a urmări răspândirea variantelor cunoscute, cum ar fi delta.

Este un efort global, dar până de curând Statele Unite au contribuit foarte puțin. Cu teste necoordonate și împrăștiate, Statele Unite au aranjat secvența Mai puțin de 1% din probele pozitive la începutul acestui an. Acum, acele teste sunt efectuate pe 5% până la 10% din probe. Acest lucru este mai în concordanță cu succesiunea altor țări și Partajat cu urmăritorii globale de boli pe tot parcursul epidemiei.

„Supravegherea genomică este puternică”, a spus Kelly Wroblosky, director de boli infecțioase pentru Asociația Laboratoarelor de Sănătate Publică.

La acest efort contribuie aproximativ 70 de laboratoare de sănătate publică de stat și locale, care organizează între 15.000 și 20.000 de probe în fiecare săptămână. Alte laboratoare, inclusiv cele operate de Centrele pentru Controlul și Prevenirea Bolilor și contractorii acestora, aduc un total de 40.000 până la 80.000 pe săptămână.

În urmă cu nouă luni, aproximativ 12.000 de mostre în fiecare săptămână au fost analizate în acest fel.

„Suntem într-un loc mult mai bun decât eram acum un an sau chiar șase sau nouă luni”, a spus Kenny Beckman de la Universitatea din Minnesota, care a acordat credit pentru distribuirea de dolari federali laboratoarelor publice și private. El conduce laboratorul de genomică al universității, care acum aranjează aproximativ 1.000 de mostre pe săptămână din state precum Minnesota, Arkansas și Dakota de Sud. Acum un an, laboratorul nu a făcut o secvență.

Bazându-se pe 1,7 miliarde de dolari din proiectul de lege de ajutorare a președintelui Joe Biden pentru coronavirus, Statele Unite lucrează pentru a crea o rețea națională care să urmărească mai bine vârfurile de coronavirus.

Cu toate acestea, Dr. William Moss de la Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health a spus că aproximativ două duzini de țări se clasează pentru o proporție mai mare de probe pozitive decât Statele Unite. Apariția Omicron ar putea „încuraja Statele Unite să o facă mai bine”.

„Cred că mai avem un drum lung de parcurs”, a spus Moss.

unele tari este serializat Dr. Phil Vibo, director medical al Illumina, o companie din San Diego, care dezvoltă tehnologii de secvențiere genetică, a remarcat că doar aproximativ 1% din probe, în timp ce altele sunt în intervalul de 20%.

„Putem fi mai sistematici în acest sens și mai consecvenți, așa că ne asigurăm că nu există deșerturi pentru monitorizarea genetică în care am putea rata apariția unei variante”, a spus Fibo.

Cu ajutorul eforturilor de monitorizare, testele PCR standard care folosesc tampoane nazale trimise la laboratoare pot detecta un semn că cineva ar putea avea o variantă de omicron. Dacă testul PCR este pozitiv doar pentru două dintre cele trei gene țintă – așa-numitul rezultat al testului S-leak – este un semn al omicronului chiar înainte de pasul suplimentar de secvențiere genetică pentru a-l dovedi.

Este norocoasă”, a spus Trevor Bedford, biolog și genetician la Centrul de Cercetare a Cancerului Fred Hutchinson. „Dacă trebuie să serializați selecția variabilă, va fi întotdeauna puțin târziu și va fi mai scump. Dacă vă bazați doar pe această renunțare S ca selecție, va fi mai ușor.”

El a spus că și alte variabile au provocat această distorsiune în rezultatele testului PCR, dar nu variabila delta. Cu Delta dominând SUA chiar acum, a spus Bedford, abandonul S va fi observat. (Bedford primește finanțare de la Institutul Medical Howard Hughes, care sprijină și Departamentul de Sănătate și Știință al Associated Press.)

Dr. Anthony Fauci, cel mai mare expert în boli infecțioase din țară, a spus că „nicio posibilitate” O’Micron să poată ajunge în Statele Unite.

Mai mulți experți au spus că probabil că este deja aici și că va fi preluat de sistemul de monitorizare în curând. Dar întrebarea este ce urmează?

„Nu avem tipurile de restricții de călătorie interstatale care ar face posibilă limitarea virusului oriunde”, a remarcat David O’Connor, cercetătorul SIDA de la Universitatea din Wisconsin.

În schimb, monitorizarea genetică va spune oficialilor dacă omicronul se răspândește cu o viteză neobișnuită într-un loc și dacă mai multe resurse ar trebui trimise în acele locuri, a spus el.

Când Omicron iese la suprafață, autoritățile de sănătate publică vor trebui să ia în considerare alte variabile în eforturile de triaj, cum ar fi nivelul de infecție deja prezent în acea comunitate și rata de vaccinare. Un focar al bolii periculoase în zone foarte fortificate ar fi de îngrijorare deosebită.

Cu toate acestea, Beckman de la Universitatea din Minnesota vede puțin avantaj în condensarea semnificativă a secvenței.

„Nu trebuie să ordonez mai mult de câteva procente din cazurile pozitive pentru a-mi da o idee cât de repede cresc”, a spus el.

Spre deosebire de alte țări, oficialii guvernamentali americani nu și-au exercitat puterea de a obliga oamenii să se plaseze în carantină dacă testează pozitiv pentru variante îngrijorătoare. Având în vedere acest lucru, secvențierea este în primul rând un instrument de monitorizare pentru urmărirea răspândirii mutațiilor.

„Cred că este important să urmărim variabilele, dar nu cred că este practic să ne gândim că vom putea secvența rapid și la o scară suficient de mare pentru a opri o variabilă în cursul ei”, a spus Beckman.

___

Scriitorii Associated Press Laurent Niergaard, Matthew Perrone și Ricardo Alonso Zaldivar au contribuit.

___

Departamentul de Sănătate și Știință al Associated Press primește sprijin din partea Diviziei de Educație Știință a Institutului Medical Howard Hughes. AP este singurul responsabil pentru tot conținutul.